同时在1998年，红旗CA7220的改款车型红旗98新星（代号：CA7220AE）诞生（后来改名叫红旗明仕）投放市场，当时这款车型外观依然是沿用了奥迪100的设计，只是将当初的立标换成了全新的“一汽”LOGO，其他外观设计与红旗CA7220保持一致。
当然在配置上红旗98新星轿车也跟着时代进行了升级，主要加装了ABS、安全气囊、助力转向、中控门锁等。动力上也是红旗98新星轿车改变最大的地方，首次使用了国产的CA4GE型发动机，排量为1.8L，最大功率为95马力（70千瓦），最高时速为180公里/小时，售价为22.8万元。
到了2000年以后，一汽又在奥迪200的基础上打造了红旗世纪星车型，这款车型除了外观和底盘技术借鉴了奥迪200车型之外，动力上使用了日产的2.0L V6发动机，其最大功率为125马力（92千瓦）。配置方面也较为丰富，主要配备了安全气囊、真皮座椅、铝合金轮毂、电动可加热后视镜、ABS、定速巡航等。
2002年，红旗明仕上市，其实就是98新星的改款车型，动力技术上没有太多突破。2004年，红旗世纪星2.4L车型投放市场，主要就是动力上的改进，换装了奥迪的2.4L双顶置凸轮轴V6发动机，最大功率为150马力（110千瓦），最大扭矩为230牛米。
到了2005年，红旗新明仕换“芯”上市，当时外观内饰上变化不大，最大的变化就是换装了日产的QG18发动机，其最大输出功率达到116马力（85千瓦），比此前的CA4GE发动机提升了20马力，与发动机匹配的仍是CA016变速器，动力系统升级后的新明仕0-100km/h加速时间为12.5秒，最高时速超过180公里/小时。
可能看到这里大家都越来越觉得索然无味，因为了没有红旗自主研发的故事，也没有了全新红旗诞生后的喜悦，而换来的却是一次又一次的换标销售，和一次又一次的东拼西凑。可以说从80年代开始，一汽对于红旗就已经缺乏了自主研发的战略与原则，同时企业自身的决策权也有限。改革开放以后，一汽规划了以先引进车型、再国产化、最后自主开发三步走的战略，但是其实国产化和自主研发根本就不能顺其自然的达成，没有自主创新就永远没有进步，然而一汽依然还没有意识到这一点，“红旗”的悲剧依然在继续。
2005年，一汽在上海车展上展出了一款代号叫做HQ3（后来更名为红旗盛世）的车型，这款车型后来迅速实现了量产。2006年底这款车型在西柏坡正式推出上市，上市的红旗车型包括了红旗HQ300商务型、红旗HQ300豪华型、红旗HQ430精英型，后来还推出了一款红旗HQ3政府专用版，整个车系售价区间为39.98-68.88万元。
其实一探红旗HQ3的究竟，它与红旗世纪星、新明仕一样依然没有改变“换标销售”的做法，这次红旗HQ3是基于海外皇冠MAJESTA车型的平台打造（皇冠MAJESTA与皇冠同平台生产，仅在日本市场销售且定位略高于皇冠）。相比皇冠MAJESTA，红旗HQ3外观、内饰、动力几乎都没有什么变化。
红旗HQ3车身尺寸为长4965mm、宽1795mm、高1485mm，轴距达到2850mm。动力上，红旗HQ3配备两款发动机，分别是3.0L V6发动机和4.3L V8发动机，其中3.0L发动机的最大功率为231马力，最大扭矩为300牛米，而4.3L发动机的最大功率为280马力，最大扭矩为430牛米，两款发动机匹配都是6速手自一体变速箱。
2005年，在红旗HQ3上市的同时，此前的红旗轿车CA7460由于排放不达标，被迫停产。而好在当时的一汽有长远的“战略眼光”，在2004年就开始了红旗新旗舰的研发工作，当时研发的目的主要就是为国庆60周年献礼。就在2005年，一汽展出了独立研发的红旗HQE概念车。该车定位于“元首级”座驾，用于替换此前的CA7460车型，该车长度超过6米，轴距为3900mm，延续了老红旗CA770三排座的传统。红旗HQE整车采用全手工制造，全铝车身，当时一汽标榜这款车型的定位高于宝马7系、奔驰S级，可以比肩劳斯莱斯幻影和迈巴赫62。
当时红旗HQE的总设计师是一汽的常冰，在车身的造型上HQE继承了红旗CA770前高后低的船型车身、对开式车门、三面红旗车标以及3排侧窗等，同时，车头进气格栅和车尾都加入了抽象的天安门造型，而车身侧面沿用三面红旗车标的同时，还在三面红旗车标上加入了转向灯功能。此外，HQE还对老红旗车尾的宫灯灯腔造型进行了创新。
动力性能方面，红旗HQE采用了排量为5.985L的V12发动机，它是一汽集团专门为全新HQE开发的一款自主设计、具备先进水平的汽油发动机。这款代号为CA12GV的全铝制发动机，最大功率408马力（300千瓦）/5600转、最大扭矩550牛米/4000转。虽然这款V12发动机在最大功率和最大扭矩方面略小于奥迪A8L W12 6.0L车型的450马力、580牛米，但两者的差距已经被缩至很小的范围。凭借出色的性能，CA12GV也毫无争议的成为自主研发发动机中的旗舰。
不得不说，红旗HQE概念车是红旗轿车现代化的一个很好的体现，先不说它的实用性如何，至少在设计上做到了自主创新，这一点是值得表扬的。在2009年的时候，红旗HQE实车亮相，胡锦涛主席正是乘坐的这款红旗车型检阅了三军。值得注意的是，当时HQE的实车车头改回了当年红旗CA770的样式。
在2009年，一汽还准备将这款车型推向市场，据当时媒体报道这款车型的售价预计在800万元，而实际的造价在400万元，后来一汽量产红旗HQE的计划在社会一片舆论声中不了了之，后来直到2012年，红旗HQE的实车才更名为红旗L9，并在北京车展上展出（红旗L9的详情第四页详解）。
其实到了2008年，红旗品牌已经变得无人问津。从2004年开始，红旗轿车的销量就开始一落千丈，2004年红旗全系车型的销量为14525辆，而到了2008年的时候全系销量已经不足500台。而就在这几年中，红旗世纪星和红旗新明仕也都陆续停产，唯一剩下的红旗HQ3在2008年的时候还“挣扎”了一把，更名为红旗盛世推出市场，并且官降16.7万元，但是依然没有逆转最终被订单生产的命运（几乎只供应政府机关）。
纵观红旗复产之后的这些年，可以说这个期间诞生的红旗轿车已经跟民族的荣耀搭不上太多的关系，一汽一次又一次换壳贴牌的行为并没有达成最初“先进口、再国产化、最后自主研发”三步走的目标，而这种研发思路和生产方式也直接导致了这一时期的红旗轿车几乎全系“阵亡”。